La Congrégation de Saint-Joseph est née au Puy en Velay, en France, en 1650, en réponse à la situation de guerre, de famine, d’injustice sociale etc. Elle est une des premières Congrégations féminines reconnue juridiquement comme congrégation religieuse apostolique, grâce à son fondateur, le père Jean-Pierre Médaille, prêtre jésuite (1610-1669), et à Monseigneur Henri de Maupas, évêque du Puy-en-Velay (1604-1680).
Pendant ses missions dans la région du Centre de la France, le Père Médaille a rencontré quelques « veuves et jeunes femmes » qui ne se sentaient pas attirées par la vie religieuse cloîtrée mais qui désiraient se consacrer à Dieu et servir le prochain.
Pour elles et avec elles, le Père Médaille a conçu le projet d’une nouvelle Congrégation. Rapidement, les Sœurs deviennent plus nombreuses et vivent en petites communautés, sans signe distinctif, se livrant à toutes les œuvres de miséricorde, tant spirituelles que corporelles.
La Révolution française (1789-1794) disperse la Congrégation. Après cette période sombre pour l’Église, celle-ci essaye de se reconstruire, notamment dans les quartiers populaires des villes en pleine croissance.
En 1807, Mère Saint-Jean Fontbonne (1759–1843), sœur de Saint-Joseph sauvée de l’échafaud par la chute de Robespierre, est appelée par le Cardinale Fesch (diocèse de Lyon et de Saint-Etienne à l’époque), pour faire revivre « le petit dessein » du Père Médaille à Saint-Etienne. C’est l’origine de la Congrégation Saint-Joseph de Lyon, qui se développe rapidement.
En 1809, fort de la réussite de cette implantation, le Cardinal Fesch envoie la nouvelle communauté à la Croix-Rousse pour appuyer les Missionnaires de France, frères convers installés dans l’ancienne chartreuse du Lys-Saint-Esprit. Arrivée dans ce quartier alors dénommé la « colline qui travaille », pendant ouvrier et laborieux de Fourvière, la « colline qui prie », Mère Saint-Jean Fontbonne y installe la Maison Mère et le noviciat.
Dès l’arrivée des Sœurs, on leur confie deux fillettes, orphelines des rues de la Croix-Rousse… l’aventure éducative et pédagogique commence.
L’arrivée en 1840 de Mère du Sacré-Cœur de Jésus Tézenas-du-Montcel, permet de conjuguer instruction religieuse et éducation et confirme la vocation d’enseignement des Sœurs, comme les Frères du Sacré Cœur, fondateurs du pensionnat Saint Louis, avec les garçons.
En 1845, la ville de Lyon reconnaît cette vocation en confiant aux Sœurs l’Ecole Normale d’institutrices laïques du Rhône et de la Loire, et ce jusqu’en 1880 !
En 1901, la loi interdit l’enseignement à tout membre d’une Congrégation non autorisée ; celle de 1904 l’interdit à tout membre d’une Congrégation quelconque, autorisée ou non.
Ainsi, le 1er octobre 1904, mademoiselle Robin, ancienne élève des Sœurs, ouvre civilement « l’externat Saint Bruno » au 17 rue des Chartreux avec 76 élèves.
En 1959, les lois Debré instaurent un contrat entre les écoles privées confessionnelles ou non et l’Etat.
Le 7 avril 1967, le lycée général passe un contrat d’association avec l’Etat, marquant la réconciliation entre les Sœurs et l’Etat au profit des jeunes filles accueillies.
En 1973, les élèves sont partiellement transférées du 17 au 16 rue des Chartreux.
A noël 1987, les Frères du Sacré Cœur et les Sœurs de Saint-Joseph s’accordent pour que le pensionnat Saint Louis, situé au 1, cours Général Giraud, devienne un collège mixte, et que l’externat Saint Bruno un lycée mixte, accueillant aussi une école. La mise en place de « facteurs d’unité » entre les deux établissements est également décidée.
En 1992, l’association Externat Saint Bruno devient l’association Saint Bruno, intégrant définitivement l’internat, alors situé à l’orangerie de Caluire, au 16 rue des Chartreux.
En 1994, la création du centre scolaire Saint Louis – Saint Bruno est actée par un courrier des chefs d’établissement du lycée, François Petinataud, et du collège, Jean-Charles Lemaire.
En 2007, les trois établissements prennent le même nom : Saint Louis – Saint Bruno.
En 2012, le lycée professionnel Jamet Buffereau intègre le centre scolaire par dévolution de la Tutelle du diocèse à la congrégation des Sœurs de Saint-Joseph de Lyon.
En 25 ans, l’établissement a été surélevé de deux étages et les sœurs ont ajouté une tourelle pour accueillir 350 élèves.
Le réseau Saint-Joseph de Lyon compte aujourd’hui vingt-trois établissements en France et en Suisse qui accueillent près de 16 500 élèves avec l’intention de rejoindre chacun d’eux dans ses forces et ses fragilités.